具备上述PCOS诊断条件后还需要排除以下疾病

(1) 库欣综合征

根据测定血皮质醇昼夜节律，24小时尿游离皮质醇，小剂量地塞米松抑制试验确诊。

(2) 迟发型肾上腺皮质增生，21-轻化酶缺乏症根据血基础17a-孕酮水平和ACTH刺激60分钟后17a-孕酮反应鉴别。鉴于以上相关的检查须具备特殊的条件，因此可转上级医院内分泌科会诊协助鉴别。

(3) 甲状腺功能异常

根据甲状腺功能测定和抗甲状腺抗体测定诊断。

(4) 高催乳素血症

根据血清催乳素升高较严重，而LH，FSH水平偏低，垂体MRI可能显示占位病变，排除药物性.

甲状腺功能减退等。

5) 原发性卵巢储备功能下降或卵巢早衰根据血FSH水平升高，E，低下鉴别

卵巢或肾上腺分泌雄激素肿瘤6)根据临床有男性化表现，进展迅速，血睾酮水平达150 ~ 200ng/dl以上，以及影像学检查显示卵巢或肾上腺存在占位病变6)卵巢或肾上腺分泌雄激素肿瘤

根据临床有男性化表现，进展迅速，血睾酮水平达150~ 200ng/dl以上，以及影像学检查显示卵巢或肾上腺存在占位病变

功能性下丘脑-垂体性闭经

根据血清FSH、LH正常或低下、FSH浓度高于LH浓度，E，相当于早卵泡期水平或低下，无高雄激素血症诊断。

(8)其他

药物性高雄激素血症须有服药历史。特发性多毛应有阳性家族史，血睾酮浓度及卵巢超声检查皆正常

2012年欧洲人类生殖和胚胎协会/美国生殖协会第三届PCOS共识工作组发表的《多囊卵巢综合征女性健康共识》对PCOS的长期危害做了重新描述:近期表现为月经紊乱、肥胖、多毛、不孕等，远期危害包括奸娠期并发症(如奸娠期糖尿病、好娠期高血压、胎儿生长受限等)、2型糖尿病、心血管疾病及子宫内膜癌的风险增加。